“达赖”这个词是蒙古语，意思是大海．是蒙古土默特部首领阿拉坦汗（《明史》中称为俺答汗）赠给黄教领袖索南坚措的。
明朝末年时，蒙古地区分为许多部，各部都有首领统辖，其中以土默特部首领阿拉坦汉的势力最为雄强，有数十万兵马。他的统治中心在今天的呼和浩特一带，势力远达青海。
元朝时，喇嘛教就曾在蒙古贵族中流行，可是元朝灭亡后，蒙古的余部退回到草原，喇嘛教的影响便微乎其微了，蒙古地区主要是萨满教。（阿尔泰语系民族的原始宗教活动）
阿拉坦汗晚年时，又对喇嘛教产生了浓厚的兴趣，他三次派人到西藏迎请黄教首领索南坚错来蒙古传教。万历六年（1578年）阿拉坦汗和索南坚错终于在青海的恰卜齐雅勒庙（明朝赐名仰华寺）会面了，双方谈判非常成功。阿拉坦汗赠给索南坚错“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”尊号，意思是“佛法像大海一样广大。”自此以后，才有了“达赖喇嘛”一词，因索南坚错是转世的第三代活佛，人们就将他的前二世活佛分别称为达赖一世和达赖二世。
三世达赖应邀到蒙古地区传教，在归化城（今呼和浩特一带），受到隆重的接待和尊奉，呼和浩特市的锡力图召即是为接待他而特建的。三世达赖这时又接受明朝政府的邀请，动身进京，不幸病逝在蒙古。
为了使黄教在蒙古地区得到更广泛的传播，西藏僧界和蒙古王公合作，宣称达赖三世转生在阿拉坦汗家族中，也就是阿拉坦汗的重孙子，法名云丹嘉错。十七岁时，云丹嘉错被迎回西藏坐床，也就是达赖四世。历代达赖喇嘛都是藏族人，只有他是唯一的一位蒙古族人。
达赖喇嘛是西藏三大寺（哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺）系统所属的众多寺庙的最大教主，他又主管前藏地区的政治事务。
喇嘛教又常把教主宣称为佛、菩萨的转生，如宗喀巴被称为文殊菩萨的转生，而达赖被称为是由观世音菩萨转生而来的。今天的达赖喇嘛是第十四世。
