普佑寺是普宁寺的附属建筑，占地面积9000平方米，座北朝南，布局为长方形。平面布局打破了传统的汉式寺庙“迦蓝七堂”式的格局，天王殿居中，前建佛堂，后又增添了凹形藏经楼，使其形成前后两层院落，布局严谨.
普佑寺建于乾隆二十五年（1760年），这一年是乾隆皇帝五十寿辰，其母皇太后七十寿辰的喜庆之年，又值清军出兵西北边疆，平定了回部大小和卓木的叛乱，这是继平定准噶尔达瓦齐、阿睦尔撒纳叛乱后又一次取得平定叛乱的胜利，从而彻底结束了西北边疆地区九十余年分裂割据的混乱局面，给边疆的各族人民带来了和平。在平定达瓦齐、阿睦尔撒纳的叛乱中，准噶尔蒙古的一支——达什达瓦部以大无畏的自我牺牲精神，协同清政府作战，为平定叛乱作出了很大的贡献。乾隆皇帝为了安抚达什达瓦部众，在他们的请求下，决定将其余部迁至热河（承德）。达什达瓦部不畏艰险，历经千辛万苦迁至承德，特别是他们将阿睦尔撒纳烧毁的“固尔扎庙”（额鲁特蒙古诸部的佛教圣地，位于伊犁河北岸）中残留的铜佛像及残片，不远万里，从新疆河畔带到热河献给乾隆皇帝。乾隆皇帝命热河总管将残缺的许多铜佛像及残片重新熔化，铸成一尊释迦牟尼铜佛像。乾隆皇帝于二十五年下令在普宁寺东南，建造普佑寺，并将重新铸造的铜佛像供奉在“普佑寺”的主体建筑——法轮殿内。这尊新铸的铜佛像背后刻有铭文，铭文中记载了这段历史。
普佑寺是承德外八庙喇嘛的“经学院”（藏语称为扎仓）。学习内容分为显宗、密宗、医学、历算四大部分。这里不但培养承德外八庙的喇嘛，蒙古各部的喇嘛也选送到这里学习经文，学经的费用全部由清政府提供。一般入寺学经的喇嘛（扎巴）称为贝恰娃，学习数年后根据经师的推荐方可转入正式班学习显宗多部大论。若干年后，具有足够条件的学习者由经师推荐，向经学院申请报考格西（善知识）学位，如考试合格，获得格西学位，修习显宗才告一段落。然后才可攻习密宗。当时，这里不仅是喇嘛云集研习佛教经典、理论的经学院，也是进行宗教活动的重要场所。
1964年，农历的八月十五夜，由于普佑寺遭到雷击起火，大部分建筑毁于火灾，当时仅存山门及四座配殿。经过整修的普佑寺，目前以正式对外开放。
普佑寺的山门面阔五间，进深三间，单檐歇山黄琉璃瓦绿剪边，正中门楣上嵌有乾隆御书“普佑寺”石匾，取“广荫大千”的寓意。山门内原供有两尊护法金刚，现已不存。普佑寺和其它寺庙不同的是没有钟鼓楼，原因可能是毗邻普宁寺的钟鼓楼较近。山门的正北是一座面阔七间、进深五间、单檐庑殿顶的“大方广殿”，殿檐下悬挂的云龙陡匾为乾隆御书，意思是佛的仁德遍布全国，佛相美妙庄严。殿内正中的石制须弥座上原供有三尊金漆木雕佛像。两侧原供有藏传佛教十祖师的泥塑像。
大方广殿前东西两侧建有配殿各三间，东配殿内供有三尊密宗护法金刚，西配殿内供有观音、文殊、普贤三大士，佛像均为木雕，现在仅存有基座。大方广殿北侧是天王殿，面阔三间，单檐歇山顶，殿内供有四大天王、韦驮。天王殿两侧砌腰墙、辟门，将全寺分为前后两进院落，主殿法轮殿建在后院中央。法轮殿即佛说法的大殿，面阔进深均为七间，周围有回廊，是一座重檐攒尖顶、覆黄琉璃瓦的方形大殿。殿内正中木雕须弥座上供奉一尊铜释迦牟尼像，就是前面提到的用达什达瓦部带过来的固尔扎庙铜像碎片熔化后塑成的。但在新中国成立前，被军阀汤玉麟盘踞承德时，他的儿子将铜像劫走偷运到沈阳，后下落不明。此佛像被劫以后，寺内的大喇嘛与都督交涉后，将普陀宗乘之庙的铜佛请来一尊放在法轮殿内法轮殿前东西各有配殿五间，东配殿原供有佛像三尊，正中为黄教宗师宗喀巴；西配殿原供有宗喀巴、一世达赖根敦珠巴、一世班禅凯珠结等三尊佛像。法轮殿后为经楼，楼平面为凹形，二层21间。下层原供胜乐王佛、大威德金刚等佛像。上层为藏经楼，内藏有经学方面德显教教义、算盘学方面的天文历算、药师学方面的《四部医典》以及火经学方面的经书，这万卷经书被大军阀汤玉麟抢劫一空。
